学术型硕士研究生标准学制为3年，全日制专业学位研究生标准学制一般为2-3年。非全日制研究生学习年限为2-3年，最长不超过5年。
学校按照国家和江苏省的规定根据物价部门批准或备案标准收取学费。学校建立了国家助学金、国家奖学金、学业奖学金、专项奖学金、单项奖学金、“三助”奖学金、国家助学贷款等多元奖助体系。国家奖学金奖励标准20000元/生·年;学业奖学金设特等、一等、二等、三等四个等级，在标准学制内分两阶段实行动态管理，其中特等奖12000元/生·年，一等奖10000元/生·年。对特别优秀者学校将给予优质生源学费奖励(减免标准学制之内全部学费)。具体评定按《河海大学研究生奖助学金管理办法》(河海校科教〔2014〕15号)文件执行。