发酵工程硕士点批准时间为：2006年。学制3年。学位点负责人：段学辉教授。
研究方向及导师：
研究方向：生物催化与应用工业微生物生物转化与加工功能食品发酵
导师：段学辉付桂明
培养方案:
一、培养目标
了解现代发酵工程学科发展的现状和趋势，在本门学科领域内掌握坚实的基础理论和系统的专门知识，如微生物学、发酵工程、酶工程、生物反应工程、生物分离工程等；掌握本学科的现代实验方法和技能，能够熟练运用发酵工程专业理论知识和技术进行课题设计、理论研究和科研实践。具有从事本专业实际工作与科学研究工作的表达能力、管理能力、创新能力以及分析问题和解决问题的能力。热爱祖国，具有良好的思想品德修养和事业心，责任感；具有追求真理和献身事业的求实精神、创新精神和协作精神。
二、课程设置
专业核心课：生化仪器分析发酵工程概论生物分离工程生物反应工程
专业方向课：现代发酵技术前沿讲座生物反应器原理与应用微生物代谢工程基因工程
酶工程现代食品生物技术分子生物学生物加工工程蛋白质化学与工程
三、学位论文
硕士生在校期间必须在省级以上公开学术刊物或在省级以上学术性会议正式出版的会议论文集上至少发表1篇学术论文。发表学术论文的第一署名单位必须是南昌大学。
硕士学位论文的基本要求：（1）选题应努力体现本专业的学科前沿和社会发展与国民经济建设的需要，理论与实际相结合，具有一定的科学意义、学术价值、应用价值和创新性。（2）学位论文应是在导师指导下由研究生独立完成的研究成果。（3）论文的结论和所引用的资料应详实准确。（4）论文应有独立见解，能提出新问题，或对已提出的问题作出新的分析和论证；（5）论文正文的篇幅在1万至3万字左右，符合学位论文的规范，其基本的理论和应用成果达到可以在专业学术刊物发表的水平。