农业机械化工程学科是学院建立较早、具有一定优势和特色的学科，“九五”期间被列为校级重点建设学科，“十五”期间列为自治区重点学科、石河子大学首批品牌专业。该学科下设机械设计实验室、机械制造实验室、农业机械展室、农机性能实验室、拖拉机修理实验室、农副产品加工实验室 6个教学实验室；拥有自治区重点学科1个，一级学科硕士学位授权点1个，2个专业硕士授权领域，1个教育部工程研究中心，3个省部级实验测试中心，1门省级精品课程，7个专业研究室。近年来，该学科承担国家自然基金、国家农业科技成果转化基金、省部级课题和各类横向课题 50 多项，其中，主持国家支撑计划项目3项、国家自然科学基金项目5项，国家农业成果转化2项，农业部和教育部项目5项，主持完成的科研项目获省部级科技进步奖5项，教学成果奖2项。
主要研究方向
农业机械化生产系统规划与管理
农业机械化作业及机器系统
机器系统节能与代用燃料研究
农业机械设计与性能试验研究
农作物遥感监测
农产品智能检测与分级