自动控制系承担我校自动化专业本科生、控制科学与工程一级学科硕士和博士研究生培养任务，以及学校相关专业自动控制理论、计算机接口及应用技术的教学和教学实验任务。
自动控制系下设控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、导航制导与控制、生物信息技术四个教研室。依托控制科学与工程的综合学科优势，在人才培养和科学研究上取得了突出成绩。近年来，获得了国家级优秀教学成果二等奖1项；承担学校的机器人创新实践基地建设，为学生创新实践提供了条件，学生们多次参加“挑战杯”课外制作、机器人电视大赛、机器人足球比赛等均取得了优秀成绩；研制出了国内首台仿人机器人、车用激光陀螺捷联组合导航定位系统等。承担了多项国家自然科学基金、国家高技术发展计划（863）项目研究工作；在控制系统集成、微小型机器人及其协同控制、组合导航与定位、脑-机接口与认知、生物信息处理、图像处理与模式识别等方向，有丰富的成果积累和较强的技术优势。