动物遗传育种与繁殖专业是在充分了解畜禽遗传背景的基础上，利用传统和现代生物技术的方法培育出生产性能优良的畜禽品种。通过三年的课程学习和科研实践，本专业培养的人才应具有遗传育种与繁殖科学的坚实基础理论和系统的专门知识，掌握基本的实验操作技能和观测数据处理分析方法，了解所研究课题方向的国内外发展动态；能用一门外语熟练地阅读专业书刊文献，具有初步的读、写、听、说能力；能将计算机与本专业紧密地结合，解决一些生产实践中存在的问题；具备从事动物遗传育种与繁殖科学研究、教学、管理和技术推广工作的能力。根据国内外的发展现状，结合我校的实际情况，本专业主要设立以下四个方向：
（1）家畜繁殖
本方向主要从生殖生理、生殖生物技术等方面入手，寻求调节家畜繁殖能力的新方法和手段。在公畜生殖方面，围绕精子发生调节机制这一科学问题，分别从类固醇激素合成调控机制，支持细胞发育和功能以及精子体外发生等方面进行系统而深入的研究；在母畜生殖方面，结合胚胎工程，开展胚胎早期发育、核质互作的研究工作，旨在充分发挥母畜的生殖潜力。
（2）分子遗传学
为了充分利用家畜的遗传优势，必须对家畜有关性状的遗传机制进行系统的研究。本研究方向是在充分掌握和拥有家畜的生产性能资料的基础上，利用分子生物学的技术和手段，找到与生产性状想关的基因，并分析其遗传机制，为家畜的育种提供直接的遗传学上的资料。
（3）动物遗传资源保护与利用
我国拥有丰富的畜禽资源，但是在盲目引进外来品种的同时，许多地方品种面临灭绝的危险。本研究的目的就是在发现我国、特别是西南和重庆家畜遗传资源的基础上，研究动物遗传资源评价、保护与开发利用的原理、方法和技术，保护我国特有的畜禽种质资源。
（4）家畜育种
在充分掌握特有家畜遗传背景、生产性能的基础之上，利用现代生物技术与传统育种手段相结合的方法培育生产性能良好、抗病力强、繁殖力高的优良家畜品种。