基础兽医学是兽医学所属的二级学科，本专业的研究目的是针对兽医实践中所出现的各种基础性的科学问题，利用现代生物技术研究其机理，为临床兽医学和预防兽医学的研究提供基础理论和数据支持。通过三年的课程学习和科研实践，本专业培养的人才应掌握基础兽医学科的基础理论、专业知识和技能，对所从事研究方向的国内外发展动态有深入的了解，能熟练阅读和翻译一种外语的专业书刊，能使用计算机，具有从事教学、科研和管理工作的能力。
根据国内外的发展现状，结合我校的实际情况，本专业主要设立以下四个方向：
（1）动物生理学
本方向主要从整体、细胞和分子水平，研究家畜生命活动现象的发生、发展及其机制，研究家畜体内外环境中各种变化对生理功能的影响，从而掌握各种生理变化的规律，为畜牧业生产服务。本方向重点放生殖生理和营养生理的研究上，特别是雄性和雌性配子的产生、受精、胚胎发育的调控以及湿热气候对动物生长发育的影响。
（2）动物病理与组织学
在充分掌握正常家畜的组织结构基础上，运用免疫组织化学、电镜技术等研究在各种疾病中，组织和细胞所出现的特殊结构变化及其机理。
（3）兽医药理与毒理学
该方向主要运用分子生物学、生物化学、生理学、免疫学、遗传学和药理学等学科的研究方法，对药物的基本治疗作用、作用机理、毒副作用和药物体内代谢规律；对药物临床治疗效果及毒副作用；对新老药物的有效成分；对耐药性产生途径及发生机理；对防止耐药性产生措施等进行研究。
（4）动物生物化学
该方向主要利用生物化学、分子生物学和细胞生物学的各种技术，研究各种生理活动形成和调控的分子机制，并寻找蛋白纯化、核酸和基因组学分析中所需的新方法和新手段。