农业昆虫与害虫防治专业现有五个稳定的且在全国有一定影响和特色的研究方向。这五个方向分别为昆虫系统学及生物多样性研究；农作物害虫灾变预警及可持续治理研究；城市昆虫、传毒昆虫的理论及调控研究；昆虫生理生化、毒理及分子生态学研究；昆虫资源、信息技术及植物保护剂的开发与利用研究。其中在鞘翅目、直翅目昆虫系统分类、昆虫对环境胁迫的适应、农业螨类及储藏物害虫研究等方面居国内领先水平。本专业现有教授（研究员）9人，副教授（副研究员、高级实验师）7人，具有博士学位的教师8人，另外还有国内外讲座教授、兼职教授3人。有重庆市学术带头人3名，后备人选1名。农业部有突出贡献专家1名，教育部新世纪优秀人才支持计划入选者1名，重庆市首批骨干教师1名，重庆市骨干教师资助计划入选者3名。学科带头人王进军教授为全国优秀教师、教育部新世纪优秀人才计划入选者、首届巴渝学者特聘教授。
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