海上交通工程二级学科隶属于我校交通运输工程一级学科，是2005年经国务院学位办备案由学校自主设立的交叉学科，也是国内第一个研究海上交通工程的学科。在该学科现有教授3名、副教授4名，其中博士、硕士生导师2名，硕士生导师5名。主要研究方向有5个，即：海上安全监督管理技术、海上交通安全理论及应用技术、海上应急管理技术、航标技术与管理和海上防污与危险品管理技术。承担各种科研项目50余项，其中省部级以上科研项目30余项；公开发表学术论文260余篇，被三大机构检索学术论文20余篇。所承担的科研项目获得省部级科技进步二等奖1项、三等奖3项，大连市科技进步二等奖1项、科技发明奖1项。在长期的科学研究及教学工作中，共公开出版专著和教材15部，其中获得国家教学成果二等奖1次。
该学科以海上交通作为研究对象，既有安全管理方面的，也有安全管理技术的，为安全管理提供科学依据，目的是提高海上交通安全和提高运输效率。因此，其具有不同于其它学科的明显特色。