根据教高【2003】4号文件批准，北京交通大学软件学院于2003年3月成立，是37所国家示范性软件学院之一。2006年11月通过教育部示范性软件学院评估验收，经《教育部办公厅关于公布示范性软件学院验收结果的通知》（教高厅【2006】7号）文件批准，首批通过教育部示范性软件学院评估验收。
学院坚持内涵发展，优化结构，强化特色，注重创新，以培养高素质国际化软件人才为目标，学院面向产业需求、突出工程能力与职业素养、强调团队合作、强化实践环节，在国际化环境与工程实践环境中培养具有创新意识的精英型软件工程师。学院坚持改革创新，与国际著名高校积极开展交流项目，与国内外知名企业深入开展产学研合作，积极探索以人才培养为目标的产学合作教育管理体制和以人才培养质量为保障的运行机制，建构了重能力培养、促素质提高的课程体系，探索了有效提升工程实践能力和英语实用能力的教学模式与培养途径。
学院依托北京交通大学自身的优势，师资力量雄厚，拥有一支专兼结合、内外结合的国际化多元化师资队伍。聘请来自英国、美国、加拿大等国家的13名外籍教师和55名知名企业的有海外背景的优秀工程师为学院专职或兼职教师。2010年，学院软件工程专业教学团队获评国家级、北京市级优秀教学团队，并获评国家级精品课2门、国家级双语教学示范课1门。学院下设软件工程系、软件工程研究中心和软件服务外包实验教学中心，办公面积达3000多平方米。
学院每年招收软件工程专业本科生180人，双证软件工程硕士研究生120人，单证软件工程硕士500人，留学生120人，在校生规模达2000余人。毕业生连续七年一次性就业率100%，进入国际知名企业、深造和出国率逐年增加，已达到85%以上。