北京交通大学马克思主义学院的前身是马克思主义理论教学研究部、社会科学部和思想教育研究室。北京交通大学于1996年学校成立文理学院，下设社会科学部、思想教育研究室等。1998年7月人文学院正式成立，人文学院下设社会科学部等系所。2009年5月，北京交通大学[校人发2009]14号文件明确：“社科部更名为马克思主义理论教学研究部，纳入学校直属管理”。自此马克思主义理论教学研究部成为直属学校领导的思想政治理论课教学与研究二级机构。
2011年4月14日，北京交通大学党委研究决定成立马克思主义学院。北京交通大学[校人发2011]19号文件明确：“马克思主义学院是直属学校领导的思想政治理论课教学与研究二级机构，是思想政治理论课教学部门和马克思主义理论研究机构，是马克思主义理论学科建设的依托单位”。
马克思主义学院现有教职工55人，其中高级职称人员共37人，其中教授11人，副教授27人，讲师16人；博士生导师9人，硕士生导师27人。学院现有国家“万人计划”首批哲学社会科学领军人才、全国宣传文化系统“四个一批”人才、马克思主义理论研究与建设工程专家、国务院政府特殊津贴专家、国家社科规划基金评审专家、教育部教学指导委员会委员等高层次专家。
马克思主义学院设有马克思主义基本原理教研部、毛泽东思想与中国特色社会主义理论体系教研部、思想品德修养与法律基础教研部、中国近现代史教研部、研究生公共教学教研部、文化与思想素质教育中心等6个教研部（中心），设有首都大学生思想政治教育研究基地、国家文化软实力研究院、中国化马克思主义研究中心、哲学研究所等12个研究所（中心）。
马克思主义学院设有马克思主义理论一级学科博士点和马克思主义理论博士后流动站；设有马克思主义基本原理、马克思主义中国化、思想政治教育、马克思主义发展史等四个二级学科博士点；设有马克思主义理论一级学科硕士点和哲学、科技哲学等六个二级学科硕士点。马克思主义学院已成为全国理工科院校中具有马克思主义理论一级学科博士点和博士后流动站的少数几家重点高校之一。