宗教学研究在南开大学具有一定的传统和特色，开创了宗教文化和宗教文学的比较研究。宗教学是南开大学哲学院的三个本科专业之一，2001年由教育部批准设立（现暂停招生）；2003年获批开始招收硕士生，至今已经为国家和社会培养了一批年轻而专业的宗教学人才。
在教学方面，本专业目前开设的本科课程主要包括宗教学导论、宗教哲学、佛教哲学等，硕士生课程包括宗教学理论与方法、宗教比较与对话、宗教经典选读、宗教与神秘主义、古希腊语入门等。本专业现有专职教授4人，兼职教授1人，在宗教学理论、基督宗教、佛教和印度宗教等方面都有较为深入的研究。在科研方面，本学科承担着国家社科基金项目“马丁·路德与惠能宗教思想的比较研究”和“国际宗教对话组织和运动的现状研究”、“隋代三大师与毗昙学”等其他多项研究项目。
1997年成立了“宗教文化研究中心”，与海内外研究机构和学者建立了广发联系，目前与鲁汶大学神学与宗教学院、安特卫普大学吕斯布鲁克研究中心、香港汉语基督教文化研究所保持着密切的学术联系，设立“道风研究生奖学金”和“慈心助学金”。