管理科学与工程系成立于1997年，其前身是1984年创办的经济信息管理专业。目前该系设有信息管理与信息系统、电子商务两个本科专业，管理科学与工程一级学科硕士学位授权点、工程管理专业硕士学位授权点和管理科学与工程一级学科博士学位授权点，是国家教育部“管理科学与工程”教学指导委员会成员单位。
管理科学与工程系拥有一支结构合理、实力雄厚的学术梯队。现共有专职教师14人，其中教授（博导）4人，副教授9人，讲师1人。该系具有博士学位或从事过博士后研究经历的教师11人，同时还聘有多名海内外兼职及客座教授。
近年来，该系在学科建设、科学研究机国际合作等方面取得了丰硕成果。承担并完成了国家自然科学基金、国家青年科学基金、国家科技支撑计划、国家留学回国人员基金、教育部社科基金、教育部985工程及境外合作等科研课题数十项；同时，还承担了大量国家和地方政府、企业委托的研究课题。在海内外学术刊物上发表了具有一定影响力的论文数百篇，其中部分被SCI、SSCI、EI等权威索引收录和引用。
管理科学与工程系在人才培养方面一直遵循夯实基础、突出特色的指导方针。在物流与供应链管理、信息系统与电子商务、网络组织与管理创新等领域已形为明显的学科优势，近年来培养了大批硕、博士研究生，并在上述学术领域取得了突出成果。
管理科学与工程系在学科建设中坚持与企业实践相结合，现后与Motorola、IBM、SAS等大型跨国企业建立了长期良好的合作关系。2005年基于“IBM大学共享研究”项目获IBM赠予的专用服务器5台，并建立了研究型实验室，为管理科学与工程系师生从事科学研究提供了强有力的实验平台。
管理科学与工程系还与香港中文大学、香港理工大学、美国德州理工大学、美国明尼苏达大学和美国康州达学等境外高校同类学科建立了稳定的学生交换与联合培养合作关系。