1983年，南开大学为适应开展中国高等教育研究的需要，针对高等教育体制改革中出现的新情况、新问题开展系统研究，成立了高等教育研究室，在校长直接领导下开展工作。1998年12月，南开大学领导集体强调指出：高等教育研究是现代高等教育改革和发展的重要基础和动力，学校鼓励对21世纪中国和世界高等教育学进行深入研究，将教育教学研究成果作为学校对各院、系教学评价的指标之一，并决定在原高等教育研究室基础上成立高等教育研究所。2000年9月，学校在实行学院制、深化校内机构改革中，为建设高水平大学，尽快恢复和重建南开的教育学科，将高等教育研究所从学校本部行政单位中分离出来，建成以教育科学研究与人才培养为主，同时为学校改革与发展服务的学院级学术研究机构。2014年8月，为了调整学科规划，优化学科布局，学校决定将高等教育学科并入公共管理一级学科，经2015年4月3日第二次党委常委会议研究决定，取消南开大学高等教育研究所的独立处级单位建制，保留机构名称，调整为隶属周恩来政府管理学院的非处级研究机构。
2000年，高等教育研究所获得高等教育学硕士学位授予权。2003年，获得教育学一级学科硕士学位授予权，设立了高等教育学、教育经济与管理和教育学原理三个硕士点。2004年，在社会学专业博士点开设了教育社会学研究方向。2011年，在公共管理一级学科下设置了教育经济与管理博士点。
高等教育研究所有一支阵容整齐、结构合理、学术水平高、锐意创新的师资队伍。所内14名教师均具有博士学位，有教授5人，副教授9人。至2013年，共发表学术论文356篇，其中CSSCI核心期刊论文250篇，出版专著17部，主编或参编著作22部，编写教材3部。科研立项共57项，其中，国家级课题19项，省部级课题15项。
高等教育研究所在开展高等教育理论研究的基础上，对教育经济与教育管理进行总体性、综合性研究，从经济学、管理学、法学、哲学、历史学等角度研究中国教育事业的发展和各种教育现象。促进高等教育理论转化为教学实际，并将高等教育改革的经验提升为理论成果，推进高等教育改革经验的交流，对改革中的热点问题进行深入研究，以切实推动教育教学改革，为我校及全国的高教改革与发展服务。
学校于1986年创办《南开教育论丛》学术季刊，现为高等教育研究所主办。《南开教育论丛》传承“百家齐放，百家争鸣”的人文传统，宗旨是为南开大学及兄弟高等院校的改革和发展服务，为我国教育科学的学术繁荣做贡献。