南开大学财政学系始建于1949年，五十年代因院系调整停办。1990年在当时的国际经济系建立了财政学硕士点，2001年再设财政学博士点。2002年经上级主管部门批准在国经贸系增设财政学本科专业。2006年初，该专业开始独立运行，并于当年6月24日正式举行了重建仪式。
该系现有在编和兼职教师16名，教授6名（含兼职教授2名），副教授6名，讲师4名，其中博士生导师5名，硕士生导师10名。截至2012年7月，该学科博士点已有40多名博士生毕业并授予学位，硕士点也有百余名硕士生毕业并授予学位。该系每年招收本科生约35名，目前已有四届学生毕业，在校学生约120余名。该系密切跟踪发达国家公共财政理论研究之前沿成果，立足于国内经济发展之需要积极加以引进，不仅注重培养具有合意的行政伦理道德和高深财政行政能力的高级管理人才、师资人才、理财人才，而且注重结合中国国情进行理论与政策研究，力图解决有关现实问题。
近年来，该系教师不断推出有价值的科研成果，承担了国家级、省部级，以及横向社科研究课题30多项，科研经费累计200余万，各类科研项目已结项2/3，发表学术专著20余部，译著5部，各类核心刊物论文200余篇，编写本科财政学系列教材一部（17种），其他各类教材10余部，以及其它形式的科研成果若干。