复旦大学基础医学院医学系统生物学系成立于2014年5月，是面向医学领域的系统生物学学科专业科研和人才培养基地。目前，在医学系统生物学学科方向已经有了很好的人员队伍和学术成果的铺垫，凝练三个学科研究方向：（1）蛋白质组学和疾病标志物的研究，（2）生物信息学和医学系统生物学的研究，（3）靶点的结构生物学和活性小分子研究；以及相关的学科队伍。
医学系统生物学学科现有教职工15人，其中教师15人，教辅0人。教师队伍中正高6人、副高7人、中级2人。其中国家杰出青年基金获得者1名、973项目首席科学家1名、教育部跨世纪/新世纪人才2名；上海市科委优秀学科带头人1名、上海市教委曙光学者1名、上海市浦江人才计划4名、上海市科技启明星2名。医学系统生物学系在培养自身队伍建设的同时，主要的教员是从国外全职引进5位教授（徐彦辉、温文玉、赵亮、顾宏周、周峰等），为学科队伍的建设奠定了很好的基础，同时也提升了整体科研水平。
医学系统生物学学科在研究生教学方面，将以本系几位在教学上有较高声誉的优秀人才为首，带领本系成为国内一流的教学团队之一，并向国际化努力。将开设研究生核心课程：系统生物学的概念、应用和方法，生物大分子的结构与功能，蛋白质组学和生物信息学等。将由医学系统生物PI代表负责课程的设置，还将邀请校内、校外专家共同参加课程的开展以保证课程的前沿性和质量。