基础医学院药理学科始建于1927年，是我国首批硕、博士学位授权点。在张昌绍教授（中国药理学奠基人之一）等人领导下，为全国各地培养了四百余名药理学骨干，对我国药理学科的发展起了极其重要的作用。
近年来，随着国外优秀人才的引入、校内人才的培养，形成了团结合作的药理学创新团队，由长江学者特聘教授、973首席科学家、国家杰出青年基金获得者、复旦大学特聘教授、上海市“千人计划”获得者、上海市浦江人才计划获得者为主体的的学术队伍。
基础医学院药理学科形成了以“神经精神药理”为主干的研究方向药理学系沿袭传统学科优势，以临床重大疾病为导向，紧扣由基础到临床的转化医学思路。本学科正逐步成为快速发展的药理学科研和人才基地。