病原生物学是一门涉及医学多种学科的基础医学科。其主要内容包括与疾病有关的微生物的生物学特性、致病机理、与宿主相互作用及特有的诊断、预防、治疗疾病的理论、知识与技术。复旦大学病原生物学为国家重点学科，本学科建设立足于科学研究及教学两大支柱，通过长期、不懈努力，学科目标为建设成具有国际先进水平的病原生物科研、教学、专业人才培养的重要基地。
本学科对人才培养的重点放在研究生、本科生和青年教师的培养上，体现在课程教学改革、教材编写、学科内即跨学科交流活动等。现已承担14门本科生课程专业基础或选修课程；承担3门医学留学生课程的全英文教学；承担14门研究生课程教学；组合了6门研究生的FIST课程。教学中教师们结合科研体会讲授课程，获得医学院研究生和本科生的好评，并主编《医学微生物学》及《人体寄生虫学》（复旦大学出版社基础医学系列）课程教材，参编人卫社《医学微生物学》及《人体寄生虫学》统编教材。