复旦大学基础医学院生理与病理生理学系由原上海医科大学生理教研室和病理生理教研室于2002年合并而成。
原生理教研室正式成立于1945年，由我国著名生理学家徐丰彦教授（国家一级教授）任首届主任。1980年后，由张镜如、姚泰、李鹏、朱大年教授相继担任教研室主任。
原病理生理教研室正式成立于1955年，由我国著名血液学家朱益栋教授任首届主任。1980年后，由程立、金惠铭、殷莲华教授相继担任教研室主任。
生理与病理生理学系2002年成立后，由殷莲华教授任系主任，朱大年、朱依纯教授任副主任。2008年由陈思锋副主任主持工作，朱依纯教授任副主任，於峻教授任系学术主任。2013年起由陈思锋教授任系主任，朱依纯、陆利民教授任副主任。
历经上医八十余年的历史积淀和生理学与病理生理学六/七十载的风雨征程，经过了几代人的努力追求，生理与病理生理学系逐渐发展成为一个优势特色明显，师资力量雄厚，学术成绩卓著，集教学、科研、与临床结合以及服务社会全面发展的国家重点学科，也是国内享有盛名的基础医学的专业人才培养基地。
在“十二五”规划建设中，生理与病理生理学系将以提高教学和科研学术水平、创新能力、国际竞争力和培养优秀医学人才为导向，以重点学科和重点实验室为依托，围绕重大疾病的机制研究凝聚学术队伍，推进转化医学研究和创新团队建设，继承和发扬上医优良传统，凝聚全体师生员工的力量，努力促进学科发展，为创建一流医学院而奋斗。