复旦大学放射医学研究所是国家为开展原子核科学技术及其医学研究而于1962年建立的，前身是上海市工业卫生研究所，1985年改名为上海医科大学放射医学研究所，2000年改为现名。
复旦大学放射医学研究所是我国专业从事放射医学与辐射防护的研究所，是该领域的专业技术指导中心之一。主要从事电离辐射生物学效应、放射肿瘤学、辐射防护与辐射剂量学、放射卫生、辐射药学等研究工作，承担着对上海市政府及其相关部门进行技术支撑、技术指导和培训的职责和任务，承担着上海市核事故与放射事故医学应急准备与响应任务，长期开展环境放射性检测、医用建设项目职业病危害放射防护评价、放射诊疗设备质量控制、放射性从业人员健康检查与个人剂量监测、放射性职业病诊断、放射卫生防护标准的制定、以及相关技术服务的信息化工作。
放射医学研究所目前在职职工人数为46名（含科研助理），其中研究员4名。招收放射医学与其它医学学科、生物学、公共卫生学、物理学等专业来源的硕士和博士研究生，开展放射生物学、放射药学、放射毒理学、辐射防护等方向的研究工作，毕业生拥有100%的就业率。多年来，研究所积极参与有关国际组织工作，多名专家分别担任ICRP专家组成员、国际空间研究委员会（COSPAR）Associate；与美、英、日等多个国家的科研院所保持着密切合作关系。