公共行政系是20世纪80年代全国最早举办行政管理专业的院系之一，现有18位教师，其中10位教授，5位副教授，3位讲师。经过多年的发展，公共行政系现有行政管理本科专业、行政管理与公共政策硕士点，设有行政管理与公共政策两个博士点，设有公共管理博士后流动站，是复旦大学公共管理硕士项目（MPA）的主要承担者，是上海市软科学研究基地“上海市科技创新与公共管理研究中心”和上海市社科创新基地“行政体制改革与服务型政府建设”的依托单位。
长期以来，公共行政系形成了自身显著的特色—以学生培养为中心的高度跨学科、国际化、追求一流的教学和科研体系。公共行政系的主要研究方向包括：行政学理论、公共政策、当代中国政府、比较公共行政、都市政府管理、电子政务、公共财政、应急管理、公共伦理等。学科研究重点包括：公共管理基础性理论问题、国家与社会发展的重大战略问题、公共管理与政策的方法与技术、公共管理与政策的前沿研究。
公共行政系的发展目标是：让学生享受一流的教育和自由地成长，始终把培养优秀的学生作为本系的重中之重，以中国目前能够集中的优秀教育资源，来培养能够适应中国经济社会发展需要和具有国际竞争力的未来的公共管理者；瞄准公共管理与公共政策科学前沿和经济社会发展的重大问题，以体制机制改革为重点，以创新能力提升为突破口，积极探索跨学科融合协同创新的新模式、学术国际合作的新途径、与国际接轨的师资队伍建设新机制，推进行政管理与公共政策的教学和研究，使之成为具有国际重大影响的学术高地。同时，以中国政府建设与发展的实践来总结中国公共管理的经验和思想，产生独创性的研究成果，让学术界和公共管理部门分享。