病理学系（Department of Pathology）由我国早期知名的病理学家之一谷镜研教授（一级教授）于1927年创办，是我国国务院学位委员会首批授予的硕士点和博士点。1989、2001年连续被国家教育部批准为重点学科，1996年被上海市教委批准为重点学科，2001年被复旦大学批准为校重点学科。同时还是上海市医疗纠纷尸检定点单位和上海市最大的遗体捐献接受单位。
本系设二级学科博士点1个；二级学科硕士点1个。现有教职工23人，包括教师14人，教辅9人。教师队伍中，教授4人，副教授6人，讲师4人。所有教师都具有博士学位，有欧美国家留学经历的教师比例高达71%。博导5人，硕导4人。在读硕士研究生12人；博士研究生15人。每年承担医学本科生的《病理学》、《临床病理讨论》和硕士研究生的《现代组织化学（一）》、《肿瘤学基础理论》、《病理学理论与实践》及博士研究生《现代组织化学（二）》、《分子病理学》、《肿瘤学理论与实践》、《肿瘤病理学》、《肝脏病理学》、《肺脏病理学》、《肾脏病理学》等课程的理论和实验教学，教学时数达2500学时以上。近些年，在不断更新再版原有自主教材的基础上，还结合最新的学科发展和积淀，编著出版了《实用尸检病理学》和《肾活检病理学》等专业特色教材。
科研上逐步形成了三大研究方向：（一）肿瘤侵袭转移机制及分子诊断标志物筛选；（二）p-gp底物类化疗药导致耐药乳腺癌细胞侵袭/转移能力增强的分子机制；（三）肾小球疾病的发病机制；承担国家、卫生部、上海市以及国际科技合作相关项目共20多项，项目资金近一千万元，获专利授权2项。近五年，以本学科单位为第一署名单位发表的SCI论文共16篇，其中高水平论文11篇（杂志影响因子5及以上），主要发表在Gut、Int J Cancer、Cell Death Differ、J Pathol、Clin Cancer Res、Breast Cancer Res Treat、Cell and Mole Life Sci、Free Radic Biol Med.。