复旦大学基础医学院免疫学系（原上海医科大学免疫学教研室）成立于1987年，由病理生理学和微生物学教研室的部分骨干教职人员组成。其中林飞卿、何球藻、吴厚生、余传霖、林云璐、谢琪等老教授为中国免疫学界的开创者或著名学者。
免疫学系全体教职人员经过二十余年的辛勤耕耘，已形成一支具有丰富教学经验及创新科学研究的学术梯队。现有在职教师13名，其中教授5名、副教授2名、讲师3名、专业技术及教辅人员3名，另有免疫学客座教授5名。免疫学系主任为储以微教授。为了免疫学科的发展，2005年和2010年，学校还分别成立了免疫生物学研究所和生物治疗研究中心。
免疫学科的研究方向聚焦于：感染性疾病的固有及适应性免疫机制；肿瘤及肿瘤免疫生物治疗；自身免疫性疾病与免疫调节；新型疫苗分子设计的基础与应用。教学上，免疫学系承担了复旦大学博士、硕士、八年制、本科生的基础免疫学和临床免疫学的教学理论授课和实验指导。
免疫学系在研究生招生、培养、毕业和就业等方面均建立了很好的平台，这为免疫学系的学科建设和发展奠定良好的工作基础，同时也为有志于报考复旦大学上海医学院免疫学系的考生提供一个起点高、竞争力强的成长环境。