微生物学和微生物工程系是1986年生命科学学院成立时，由原来的微生物教研室和病毒学研究室合并而成。赵国屏院士为系主任，钟江教授为执行系主任，有4名教授和5名副教授。
微生物学专业是国内建立最早、课程设置最完整的专业之一。1981年经国务院批准，有权授予微生物学和病毒学硕士学位，病毒学专业同时拥有博士学位授予权。1997年，病毒学博士点被拓宽为微生物学博士点。本系开设的主要课程有《微生物学》、《免疫学》、《病毒学》、《现代微生物学专题》等。
主要研究方向包括：微生物生理、代谢和遗传学，微生物进化、分类和生态学，感染与免疫。研究课题包括微生物基因组学和生物信息学、微生物中心代谢微调的机理、通过合成生物学技术构建生产新型抗生素的微生物、环境元基因组学及应用、增强乙肝疫苗免疫作用的途径、用于蛋白表达和基因转移的新型病毒载体等。