生态与进化生物学系成立于2004年，是在生命学院原有的环境与资源生物学系的基础上经重新组合而成。现任系主任为卢宝荣教授，有14名教授和4名副教授。
本系设有生态学和植物学2个博士学位授予点，在生物多样性与保护生物学、生态系统生态学、全球变化生态学、进化生态学、恢复生态学等5个生态学方向，以及系统与进化植物学和基因资源的利用与保护等2个植物学方向上招收博士研究生。生态学专业于2011年被批准为一级学科博士点，并设有生态学、植物学、动物学和生物信息学4个硕士学位授予点，以及生态学和生物学博士后流动站。承担校、院的本科生和研究生各类基础学位课程近30门，如生物多样性科学导论、普通生态学、动物学、植物生物学、生物信息学和生命的进化等。
研究领域注重于生物多样性与环境变化、生物入侵及其后果、生态工程原理及其应用，从宏观和微观生物学角度探索生物多样性的科学前沿和重大应用问题。