硕士课程的教育重点将从“垂直能力”向“水平能力”拓展，特别强调在21世纪社会、经济和技术快速发展背景下，如何基于可持续的设计价值观，通过跨学科知识、整合创新、设计方法和国际经验的培养，在物质和非物质两个层面，为解决现实生活中相对复杂的设计与创新问题提供策略和方法。通过学位课程和非学位课程的学习，从理论与实践两方面强化学生的设计能力、批判思考能力、理论与研究能力以及对设计学科自身发展进行探索的能力。
硕士课程分为设计硕士和学术硕士两类，学制一般都是2.5年；如果是参加4+2本硕连读项目，学制为2年；如果参加双学位国际交换项目，学制为3年。专业硕士是设计实践学位。重点培养与高层次设计实践相关的知识、理论和能力。学术硕士是研究学位，为学生提供追求一个深入探究某些特定研究领域的可能性。目前设计创意学院的硕士学科分为7个方向，每个方向又若干指导老师组成导师组，研究生根据研究方向选择指导教师，在导师的指导下，确定研究的具体内容和论文的题目。
硕士学科方向
1.工业设计Advanced Industrial Design（专业&学术）
2.环境设计Advanced Environmental Design（专业&学术）
3.媒体与传达设计Advanced Media and Communication Design（专业&学术）
4.交互设计Interaction Design（专业&学术）
5.产品服务体系设计Product Service System Design（专业&学术）
6.设计战略与管理Design Strategy & Management（专业&学术）
7.设计历史与理论Design History & Theory（学术）
国际化教学是设计创意学院硕士课程的特色。目前学院与意大利米兰理工大学（产品服务体系设计）、意大利都灵理工大学（系统设计）、瑞典查尔姆斯大学（工业设计工程）、德国包豪斯大学（城市媒体环境）、德国科隆国际设计学院（可持续城市变革）和芬兰阿尔托大学（国际设计工商管理）设立了双硕士学位。通过在在读研究生中报名\遴选的方式确定参加者，第二学年开始为期一年的交换，完成培养计划后可以获得同济大学和合作大学的两个硕士学位。除了双硕士学位外，学院与20余个国际知名设计学院签订了短期学分互认交换协议，学生可以在合作框架内自由选择。