自然地理学是研究地球表层岩石圈、大气圈、水圈、生物圈、土壤圈等相互作用的及其形成演化过程、区域分异、环境资源功能的科学，具有基础科学和应用基础科学的特点。
一、培养目标
培养具有地球表层系统科学研究能力、高尚的道德品质、朴实的作风与较深的文化素养的研究、教育、规划和管理专家。
1、硕士学位：掌握自然地理学及有关学科的基础理论知识和野外工作及实验技术，了解本领域的研究动态，基本上能独立开展与本学科有关的研究和教学工作。
2、博士学位：博士学位获得者应系统掌握自然地理学有关的基本理论，具有宽广和坚实的基础、野外工作能力和基本实验操作技术，熟悉本学科的历史、现状和最新动态，能独立承担与本学科有关的研究课题及教学工作。学位论文应是研究生本人的原始研究成果，要求具有重要的学术意义和较高的创新性。
二、研究方向
根据当代科学发展的趋势、本校的优势、师资队伍与技术设备条件，南京大学自然地理学主要研究方向和博士培养方向包括三个方面。
1、自然地理环境过程和演变：研究地貌演化和形成规律、气候长期变化的规律和机制，生态环境变化的特征和机制、土壤和土地利用变化对环境的适应和影响、自然环境变化和人类活动的关系，以及海岸环境演化、沉积动力等
2、自然资源与环境利用：研究内容主要有中国自然区域及其开发整治、自然资源利用规划与管理、水资源与水环境、自然灾害研究与防治、可持续发展研究和海岸海洋资源开发与管理等科学问题。
三、招生对象
自然地理学研究生源来自地球科学及相邻学科的大学毕业生及硕士毕业生，如地理学、地质学、大气科学、土壤学、水文与水利科学、海洋科学、生物科学、环境科学以及相关的工程学科，亦可选拟深造的在职人员、硕士研究生年龄在35岁以内；博士研究生年龄在40岁以内。
四、学习年限
硕士学位：三年博士学位：三年（在职人员最长不超过六年）
硕博连续：最短为四年，最长不超过七年。