上海交通大学机械与动力工程学院工程硕士教育创办于1998年，是全国最早创办工程硕士学位教育的单位之一。工程硕士教育中心坚持“质量第一、学生为本”的原则，依托学院优势和交大办学力量，为集团单位和社会培养高层次应用型的优秀工程技术和工程管理人才，其成效为企业所称赞。截止2012年12月底，已有3072名学员取得学位。
招生专业有机械工程（含机电一体化）、车辆工程、动力工程（含热能、制冷及空调）、核能与核技术工程、工业工程、物流工程（企业物流及系统规划）、项目管理（制造业与工程）共七个专业领域。近年来每年招收450至500人。
任课教师有近100人，论文指导教师有近150人（不包括企业指导教师），培养质量位于国内前茅。学院工程硕士教育获2001年上海市教学成果三等奖、2005年上海市教学成果一等奖、2005年全国教学成果特等奖（参加单位之一）。吴世华和蔡建国老师获全国工程硕士教育工作先进称号。项目管理专业得到美国项目管理协会全球认证中心PMI-GAC的认证，是中国高校中被PMI认证的第一个单位。物流工程专业得到英国皇家物流师协会的认证，物流工程领域学生可以直接申请英国皇家物流师三级证书（最高是四级）。工业工程专业得到中国机械工程学会认证，是工程硕士毕业生申请工业工程师资格全国唯一试点单位。本中心在多个专业领域担任全国工程硕士教育协作组副组长单位和华东地区召集人。
合作办学单位有上海汽车工业集团、上海电气电站集团、无锡威孚集团、宝钢集团、上海飞机制造公司、上海核工程研究设计院、秦山核电集团、深圳大亚湾核电公司、昆山富士康集团、深圳富士康集团、中国船舶工业集团、东风汽车集团、山东铝业集团、上汽通用五菱汽车公司、朗讯公司、无锡机械局、苏州机械局、南车集团常州戚机厂、胜利油田、株洲航空发动机所、苏州华硕集团、中电联、广西玉柴集团公司、株州航空发动机研究所、东莞新科磁电公司等多个著名企业和院所。在苏州、无锡、常州、昆山、秦山等地都设立了工程硕士教学点。
此外，还同美国密西根大学、澳大利亚昆士兰理工大学等在工程硕士培养方面开展合作。