环境工程专业涉及固体废弃物、气体废弃物、水污染物的处理以及生态工程与环境修复等领域的研究，旨在培养能独立进行环境工程技术开发、研究与管理的创新性高层次科技人才。学生毕业后可在各类环境保护部门及企业，从事环境污染控制、环境工程设计、环境科学研究、环境监测与评价、环境管理、环境规划、环境教育以及排水工程的规划、设计、施工、运行、管理、教育和研究开发等方面的工作。
本专业设置如下研究方向：01．水污染控制02．大气环境科学与污染控制03．环境空气净化处理技术04．固体废弃物处理资源化与环境生物技术05．给水排水技术06．生态工程与环境修复07．环境工程装备08．环境功能材料
本专业硕士研究生学制为3年，学习年限最长不超过5年。环境工程专业、环境科学专业的硕士研究生攻读硕士学位期间必须至少完成学校规定的25学分，其中学位课程15学分，选修课程不少于10学分，参加学术报告会（20次）1学分。申请毕业答辩前应至少在统计源以上的刊物上以华南理工大学环境科学与工程学院为第一署名单位，以本人为第一作者发表（含录用）非综述性论文1篇。