数学系前身是建立于1931年的重庆大学算学系，首任系主任段调元，是国内建立最早的少数几个数学系之一，隶属于理学院（1929年设立，重庆大学建校时三个创始学院之一），何鲁、柯召、胡坤陞、段调元、潘璞、周雪欧、谢昌璃、陈传璋、周怀衡、李锐夫、孙泽瀛等曾在本系任教，培养了曹锡华、陈重穆、钟山等著名学者，国内第一批获得应用数学硕士点，2001年获得基础数学硕士点，2011年获得数学一级学科博士点，本系设立的数学研究所创立于1936年，首任所长为柯召院士。
●博士点
基础数学
导师：郑德超（千人计划） 李寒峰（千人计划） 舒永录 黄小军
应用数学
导师：穆春来 朱长荣 蒲学科
●硕士点
基础数学
导师：郑德超 舒永录 黄小军 李江涛 张良才 周云华 李寒峰
应用数学
导师：杨丹 穆春来 何传江 曾理 伍俊良 易正俊 舒永录 黄小军 刘琼荪 陈义华 傅强 蒋卫生 蒲学科 朱长荣 龚劬 李东何 光辉
●校级重点课程
高等数学(省级精品课程)
课程负责人：叶仲泉
复变函数与特征函数
课程负责人：李江涛