9月14日，广东省教育厅与深圳市政府在广州签署《共建南方科技大学协议》，副省长陈云贤、省教育厅厅长罗伟其、省科技厅厅长黄宁生、深圳市副市长刘庆生、南方科技大学党委书记李铭、校长陈十一出席协议签署仪式。南科大成为首批广东省高水平理工科大学共建院校，深圳市将南科大建设高水平理工科大学作为深圳市委市政府的重点工作，支持南科大高层次人才引进，建设研究生联合培养基地等。
广东省高水平理工科大学建设是省委省政府实施创新驱动发展战略，是推动全省产业转型升级和经济社会发展的重要举措。此次，南方科技大学与省内其他三所理工类院校成为首批共建院校。按照协议，深圳市将南科大建设高水平理工科大学作为深圳市委市政府的重点工作，列入深圳市人口与社会事业“十三”五规划。此外深圳市还将在推动形成多方协同创新发展格局，支持南科大高层次人才引进，建设研究生联合培养基地等方面给予重点支持。
省教育厅及省直有关单位在支持南科大搭建重大科技创新平台，高层次人才及团队引进，发展学位与研究生教育，深化招生制度改革等给予重点支持。此外，南科大将列入省高校综合改革试点单位，在内部管理体制机制、人事管理制度方面先行先试。