温州医科大学外科学建立于 1958 年，已故著名外科学家钱礼教授是学科创始人之一。钱礼教授在本学科工作期间编著的《腹部外科学》是我国最早出版的腹部外科专著，曾影响国内一代外科医师的成长。经过数十年来几代人的努力，专业队伍不断壮大，临床科研教学水平不断提高。学科专业齐全、技术力量雄厚，梯队结构合理。1978年开始招收硕士研究生，2005 年与华中科技大学联合招收博士研究生， 2006 年成为博士学位授予点。目前外科学在校硕士生 300 余人，博士生20余人。
2004 年，外科学成为省(教育厅)重点学科，其中普外科学、神经外科学、骨外科学还是省(卫生厅)医学重点学科。 2008年，外科学成为浙江省高校重中之重学科。拥有一个专业外科中心实验室，是国家药物临床试验基地、卫生部专科医师培训基地，现有教授40余人。
本学科主要研究方向有普外科、骨外科、神经外科、 泌尿外科、 心胸外科等。经过多年的学术沉淀，本学科点在基础设施建设、人才培养、科研创新等方面都取得了丰硕成果，已成为“特色鲜明、常规并进”的省内乃至国内的领先学科。
方向一：普外科(肝胆胰外科)
学科带头人张启瑜教授。近五年来本方向共获国家级课题6项，省部级课题15项，科研经费超过1000万元;获省部级科技奖励3项;多人入选省151培养人才工程和省医药卫生高层次创新人才;发表SCI 论文40篇，编写专著9部，申请专利3项;举办全国性继教培训5项次，引进或开发新技术10余项，向全省推广适宜技术3项。已培养毕业硕士生70余人，博士生7人。经过科室同仁共同努力，不断锐意创新，钻研手术技术，精益求精，适应微创外科发展潮流，常规开展腹腔镜微创手术在胆道疾病、脾切除、肝肿瘤手术以及直肠癌切除等方面的应用;并不断开展高难度肝门部胆管癌切除术、无血切肝改良技术、肝癌综合治疗、保留脾脏和脾脏血管的胰体尾切除术和消化道连续性吻合术等新术式及治疗方法，均居浙南和闽北地区领先水平，部分已达国内领先和先进水平，取得了很好的社会效益，深受广大病员信赖。除上述研究外，学科还在以下三大方向有较深的临床基础研究。⑴门脉高压症方向：于2000年首创选择性减断分流术，集脾胃区“减”流、门奇“断”流、选择性“分”流--“三位一体”之优势，深入研究门脉高压症病理生理机制，根据患者具体病情总结出手术方式加以分类，施实个体化手术方案，大大提高门脉高压症疗效，并多次在全国会议上手术示范并加以推广，为广大肝硬化门脉高压患者带来福音，在临床研究的同时不断深入基础实验，制备出肝硬化门脉高压动物模型，通过进一步研究不同手术方式探讨门脉高压最佳治疗方式及作用机制，培养了多名博、硕士研究生，并在国际、国内发表多篇研究论著。⑵重症胰腺炎方向：针对浙南地区胰腺炎发病特点及作用机制，通过实验动物模型探索区域动脉灌注药物的组成及用法，总结出规范化治疗方案，应用介入途径的区域动脉灌注技术，提高胰腺周围药物浓度，防治坏死继发感染及保护脏器，明显提高治疗效果，多次参加本院及外院危重疾病的会诊抢救，挽救患者生命，将病死率降至5%以内，远远超出国际平均水平(10-20%)。首次提出胆源性胰腺炎临床分型，多项技术处国内领先、国际先进水平，现正总结规范化治疗方案以进一步推广，所做研究获得省科技进步奖3项，获省部级奖1项、厅级一等奖2项、二等奖2项、三等奖2项，并与美国、瑞典等国家医学中心建立友好交流关系。⑶肝移植方向：2000年首例肝移植成功，通过不断手术创新，将改良式背驮式肝移植作为终末期良性肝病肝移植的常规手术方式，缩短手术时间，减轻患者全身缺血再灌注损伤，缩短无肝期，至今共成功实施近百例肝移植，年存活率达90%，总体疗效达国内先进水平，此外还针对不同疾病进行了肝肾联合移植、胰肾联合移植手术，并取得良好效果;最近正在尝试活体肝移植的实施和肝脏去细胞化支架干细胞培养，获省自然基金课题2项，温州市科技局课题1项，温州市科技进步奖二等奖1项。
方向二：骨外科
学科带头人徐华梓、池永龙教授。本院骨科建立已五十余年，目前系博士学位授予点，浙江省脊柱外科中心，浙江省医学重点学科，浙江省高校重中之重(外科学-骨外科)建设学科，全国微创脊柱外科培训基地，卫生部骨科内镜诊疗技术培训基地，HVO(北美海外志愿者协会)中国基地，已成为浙南地区的骨科临床、科研和教学中心。我科在全面开展常规骨科及微创外科领域的高难手术和危、难、重病症状的诊治基础上，采用微创外科技术治疗脊柱疾患、四肢和骨盆创伤和关节疾病的基础和临床研究取得了很大成绩。特别是研制出适合于微创治疗胸腰椎骨折的脊柱花刀及新型脊柱内固定器，获浙江省科技进步二等奖和国家发明专利，该术式及固定器较同类方法损伤更小，疗效更佳，临床应用日臻成熟;胸腔镜下微创脊柱前路手术的研究：该研究对传统锁孔胸腔镜技术进行了改良，设计了扩大操作口胸腔镜下胸腰椎前路手术方式，主要治疗脊柱侧弯、脊柱肿瘤、胸椎间盘突出症、胸腰椎骨折等，临床疗效显著，获浙江省医药卫生创新奖二等奖;近五年又开展了系列微创脊柱外科技术，包括：经皮上颈椎螺钉内固定技术、经皮内镜下上颈椎前路松解复位内固定技术、胸腰椎骨折系列微创手术治疗技术、椎间盘镜下腰椎后路手术、脊柱显微外科手术，在国内产生较大学术影响，逐渐形成我科微创脊柱外科的特色，取得的成果获2011年国家科技进步二等奖，2010年中华医学科技进步一等奖和浙江省科技进步一等奖。骨关节创伤外科在开展常规四肢骨折的内固定手术同时，近三年在微创手术治疗方面，特别是经皮内固定技术进行了重点突破。其中骨盆骨折的微创内固定技术在国内具有相当的影响力。关节外科已常规采用关节镜外科技术进行膝关节前后交叉韧带重建。近年来又开展了微创人工关节置换技术，使手术切口小，软组织损伤减少。计划将关节镜技术扩展到肩、髋等关节疾患的诊断和治疗。微创技术治疗手外科疾患也是科室重点发展方向，主要开展的项目包括：复杂断肢(指)的远位寄生再植、手部及足底软组织缺损的各种皮瓣修复手术、拇指再造、异体及人工肌腱的临床应用研究、臂丛损伤的手术治疗、人工指关节置换、颈前路健侧C7移位治疗臂丛根性撕脱等，其中“复杂断肢(指)的远位寄生再植”的研究获浙江省科技进步奖三等奖。“骨间后动脉桡侧支的显微解剖和临床应用”获省教委科技进步二等奖。近年来重点为腔镜治疗技术。开展了CO2气腔内镜下腓肠神经切取术、腔镜下尺神经松解前置术、腓总神经松解术和腔镜下腋神经松解。
方向三：神经外科
学科带头人诸葛启钏教授。近五年本学科第一作者发表SCI收录文章近20篇，在国内核心期刊等杂志发表文章100余篇;作为分中心负责人参与科技部“十一五”支撑项目2项，并获国家自然基金3项和省部级课题10项，厅市局级课题近20项，科研经费400余万元。
主要研究方向：⑴神经肿瘤研究：包括颅底肿瘤、神经胶质瘤和垂体肿瘤的基础与临床研究。省内率先开展颅底显微解剖研究，并应用于指导临床肿瘤显微手术治疗，目前处于国内领先水平，获浙江省科技进步奖二等奖1项、三等奖1项，浙江省医药卫生科技创新奖二等奖1项，温州市科技进步奖一等奖1项。⑵脑血管病研究：包括出血性脑血管病微创外科技术、脑卒中与细胞移植。现每年开颅、血管内介入治疗动脉瘤约300例，显微外科技术和血管内介入技术治疗颅内复杂动脉瘤、巨大动静脉畸形等技术处于国内先进水平，获浙江省医药卫生科技创新奖三等奖1项，温州市科技进步奖三等奖1项。⑶立体定向与功能神经外科(难治性癫痫、面肌抽搐、三叉神经痛等)研究：省内率先开展立体定向技术治疗高血压脑出血及脑肿瘤，获得省科技进步三等奖2项，处于省内领先水平，应邀在全国20多家医院指导开展立体定向手术。⑷小儿神经外科、干细胞移植及脊柱脊髓神经外科研究：获得国家自然基金2项、浙江省科技厅项目1项，浙江省自然基金2项，浙江省中医药研究项目1项，发表SCI文章10余篇，主持、合作获中国中西医结合学会科技进步奖三等奖1项，浙江省科学技术奖二等奖2项，浙江省中医药科学技术创新奖一等奖1项，浙江省高校科研成果奖三等奖1项，温州市科学技术进步奖二等奖等奖2项。
方向四：泌尿外科
学科带头人翁志梁教授。目前获得浙江省科技进步奖奖2项、浙江省医药卫生科技创新奖5项、温州市科技进步与创新二等奖4项。科室历年发表论文100余篇，其中国外杂志3篇，国内一级杂志20余篇。成功申报省、市、厅级及医学院级课题10余项。科研经费已达人民币20多万元。 有4个研究方向：(1)膀胱肿瘤研究：开展了以聚维酮作为溶剂，膀胱腔内化疗预防浅表膀胱肿瘤复发的基础和临床研究;膀胱肿瘤发病机制的研究。(2)男科学：主要开展了勃起功能障碍机制及治疗的研究。小剂量5磷酸二酯酶抑制剂治疗性功能障碍的临床研究。(3)肾移植：1985年开始开展了临床肾移植工作，年完成肾脏移植接近100例。目前主要开展肾脏移植相关研究，包括移植免疫研究、移植脏器功能监测等研究。(4)下尿路感染和前列腺炎：主要开展了慢性前列腺炎和下尿路感染的临床和基础研究。
方向五：心胸外科
学科带头人孙成超教授。近五年以本学科点为第一作者发表SCI收录文章6篇，在国家I级杂志上发表文章9篇，II级杂志上发表40余篇;科研项目来与阜外心血管医院合作完成国家“十一.五”课题：提高老龄和急危重心血管疾病外科治疗疗效的研究，省自然课题1项，省厅局级课题6项，市级课题6项，科研经费约80余万元。
主要临床业务：(1)大血管外科：在升主动脉瘤和I型主动脉夹层的治疗上，近几年来我科在原来升主动脉置换、升主动脉置换+冠状动脉移植的基础上开展主动脉弓手术,在急诊下行主动脉弓全弓置换、改良象鼻术。至今已完成全弓置换+改良象鼻手术30余例，死亡1例，余全部康复出院，达到省内先进水平，尤其急症搭桥的成功，更标志着该院在治疗冠心病方面已达国内领先水平。(2)心脏外科：成人心脏外科：常规开展包括双瓣置换，二次换瓣与急诊换瓣，二尖瓣、三尖瓣成形手术，冠脉搭桥术，效果优良，其并发症发生率及手术死亡率达到国内先进水平;近5年来，年均置换瓣膜400余个，累计置换瓣膜超过2500余个，瓣膜病的外科治疗已走到国内前列，近2年通过国际顶尖专家合作指导，技术不断提高，逐步与国际先进技术接轨。小儿心脏外科：复杂性先天性心脏病矫治水平上达国内先进，同时对新生儿、低龄幼儿先心病矫治省内领先。近五年完成小儿心脏手术1300余例。 (3)普通胸外科：1998年开始开展胸腔镜手术，近年来外科手术微创化为发展的主要方向之一，近年来开展胸腔镜下肺叶切除，全腔镜下食道癌根治术，小儿普胸开展NUSS手术治疗漏斗胸， 其中漏斗胸Nuss手术在温州地区率先开展，病例数国内领先，共约140例。常规开展胸腔镜下肺大庖缝切术。近年来又开展胸腔镜下肺癌切除术、胸腔镜下治疗手汗症、漏斗胸、纵隔肿瘤。小切口下行先天性心脏病封堵术。常规开展肺、食道、纵隔肿瘤手术，食道癌、贲门癌每年达200余例。肺癌方面肺癌袖状切除，多叶段成形，隆突、半隆突切除，Pancost癌切除，上腔静脉置换及左房部分切除已常规开展，近年来又行III期肺癌的新辅助治疗，肺癌的治疗已达国内先进。