林木遗传育种学科创建于1958年，是国家林业局五个重点学科之一，2005年获得硕士学位授予权，学科带头人童再康教授。学科现有教授6人，博士10人，硕士生导师15人，浙江省“151”第一层次人才2人。
本学科与森林培育学科合属共享亚热带森林培育国家重点实验室，实验室专用面积7600平方米，仪器设备3000余万元，资产总值达4700余万元，实验条件国内一流。经多年发展，建立了国家中医药管理铁皮石斛品种选育与生态栽培重点研究室、浙江省林木种质资源保育与利用公共基础条件平台、浙江省铁皮石斛产业技术创新战略联盟，浙江农林大学生物技术研究所、天然药物研究开发中心，形成了林木遗传育种、药用植物遗传育种、园林与观赏植物遗传育种3个特色鲜明与优势明显的研究方向。近三年主持国家级863项目、国家自然科学基金等项目12项，省部级重大、重点项目15项，省自然科学、人才培养专项基金等20项，科研经费3000万元，获省部级以上奖励3项，发表论文100余篇，其中多篇被SCI、EI收录。