本学科现有包括动物疫病诊断与控制、兽医生物技术与疫苗、动物分子病原学和免疫学为特色的三个研究方向。
1.动物疫病诊断与控制
本研究方向主要采用分子生物学、免疫学、生物化学、微生物学、病理学等新技术和手段，从分子水平综合研究动物病原微生物特性以及致病机理，从而建立有效的检测方法。传统的疫病诊断方法常是根据临床症状、病理学变化、及流行病学等特点进行诊断，但伴随着养殖规模的不断扩大，疾病流行越趋复杂，许多疾病常常是混合感染，症状表现及病理变化更为复杂，靠传统的疾病诊断方法已经不能解决日趋复杂的疾病诊断问题。该研究的学术地位是采用多学科的手段、综合性的方法，从而能够达到快速、准确对日趋复杂的疾病作出诊断的目的。
2.兽医生物技术与疫苗
主要采用分子生物学、免疫学、生物化学、微生物学、病理学等新技术和手段，主要为规模化和小区化的养殖创立新的诊断控制疾病技术体系，开发适合生产绿色畜禽产品的中药及中药提取制剂，并在抗病基因和保护性抗原基因、基因工程疫苗、细胞工程疫苗方面进行深入研究。
3.动物分子病原学和免疫学
本研究方向以严重影响畜牧业生产的群发性传染病和寄生虫病为重点和突破口，开发出针对性的生物学制品和制剂，制定相应的综合防制措施，为动物传染病和寄生虫病的防制提供有效手段，保障畜牧业生产的健康发展。