北京农学院果树学科始建于1979年，现为北京市重点学科，目前共培养研究生100多名。 该学科现有教授8人，副教授 16人，享受国家政府特殊津贴3人，北京市属优秀人才1名，北京市拔尖人才1名，北京市名师1名。近5年来该学科共承担28项国家和省部级项目，获国家科技进步二等奖1项，环境保护科学技术奖三等奖1项，北京市科技进步一等奖 1 项、二等奖2项、三等奖4项，北京市农业技术推广一等奖3项、二、三等奖5项，发表论文156篇，合作出版著作12部，创经济效益10亿多元。
该学科设有果品优质生态安全、果树种质资源利用与创新、果树发育生物学等研究方向，其中“果品优质生态安全”团队为北京市科技创新学术团队。