生物医学工程是一门由理、工、医相结合的交叉学科,是电子、机械、材料等多种工程学科向生物医学渗透的产物。它是运用现代自然科学和工程技术的原理和方法，从工程学的角度，在多层次上研究人体的结构、功能及其相互关系，揭示其生命现象，为防病、治病提供新的技术手段的一门综合性、高技术的学科。学院生物医学工程学术型硕士注重学科之间的交叉，设有多个研究方向，突出医疗器械工程与技术作为特色。医疗器械是国家和上海市中长期发展规划的重点支持领域。
本专业现有教授19人、副教授35人、讲师28人、具有博士学位的45人，硕士生导师45人。并有国家杰青基金获得者1人;“百千万人才工程”一层次1人;教育部新世纪人才1人;上海市东方学者3人;上海市优秀学科带头人2人;其他人才计划14人。
本专业还获得国家973、863项目等6项;15项国家自然科学基金;省部级课题50余项;横向课题140余项。导师和研究生共发表论文700多篇，SCI/EI/ISTP收录220多篇。并获得上海市科技进步一等奖1项，省部级科技进步二等奖4项，省部级科技进步三等奖1项。发明专利19项，科技成果转让16项。
学院自2007年招生第一届生物医学工程硕士研究生以来，培养了硕士研究生253人，授予学位180人。五届毕业生的就业率皆为100%，2013届春季获得学位的硕士研究生签约月薪接近5000元。生物医学工程专业入选2007年上海重点领域导向专业目录，生物医学工程专业的应届硕士毕业生在申请上海户口时在专业上有加分项。
学院配合学校研究生院的研究生创新基金，设有微创创新基金，来鼓励、资助学院硕士研究生的创新研究活动。
学院实验室面积共有5000多平方米，大型科研设备450余套，设备总值6500万。学院还设有图书信息中心，专门收集生物医学工程相关的国内外书籍和文献。目前已有图书总量24.5万册;期刊665种;数据库16种;电子图书35万册;电子期刊1000多种。
指导教师：刘宝林教授、宋成利教授、聂生东教授、随力教授、郑政研究员、喻洪流教授等