环境工程专业属于环境科学与工程一级学科下设的一个二级学科，于2002年10月获得“环境工程”硕士学位授予权。本专业依托于“水污染防治及其水资源循环利用技术实验中心” 、“大型环境模拟风洞”、“空气污染控制工程实验中心”等特色实验室，获批为上海市085知识创新工程“环境科学与工程重点实验室”建设项目。环境工程专业主要研究运用工程技术和有关学科的原理和方法，保护和合理利用自然资源，防治环境污染，以达到改善环境质量的目的。本专业师资队伍结构合理，实力雄厚，具有承担国家重大和上海市等地方重大、重点及重要科技攻关项目的能力。
指导教师：张道方教授、黄远东教授、施文健教授、陶红教授、崔立峰教授、杨俊和教授、王霞教授、王现英教授、郭少为副教授、伊学农副教授、纪桂霞副教授、周仕林副教授、詹咏副教授、邓保庆副教授、陈维芳副教授、周海东副教授、刘洪波副教授、常飞副教授等