发酵工程专业是1998年国家批准的硕士学位授权点，该专业在生物活性物质的研究与开发、应用微生物及酶技术的研究与开发方面形成了自己的学术特色。主要研究方向有：生物活性物质的分离筛选、微生物资源的前期开发、酶及细胞固定化研究。
生物活性物质的研究与开发主要以乳、农作物贮藏蛋白、低等藻类为对象，分离筛选具有不同生理功能的活性成分，并对高附加值功能性食品的开发进行理论与实践方面的研究。微生物资源前期开发的重点是食品中主要病原微生物的监测与控制;有益微生物的筛选与应用、微生物生物技术的研究和应用等。酶及细胞固定化的研究主要以食品工业用酶为对象，进行酶及细胞的固定化、酶分子的改造与修饰等方面的研究与应用。
本学科点现有教授4名，副教授6名，硕士生导师8名，并有一批具有博士、硕士学位的骨干教师。目前，该学科承担省部级以上科研项目16项，拥有 从事该学科专业研究的全面配套实验室，与国内及国外一些高校和研究机构有着密切的学术交往。近五年来有10项科研项目通过省部级的鉴定，发表论文200余篇，其中核心期刊 94篇，SCI、EI收录论文 12篇，申请专利 10 项。