华东交通大学软件学院于2002年6月经江西省批准成立，属江西省首批示范性软件学院之一。自2007年起，学院进行了“软件工程+应用背景专业”复合型人才培养模式的改革，2009年被批准为江西省人才培养模式创新实验区。2011年开始，和江西思创数码科技有限公司、江西微软技术中心联合鉴署“校企战略合作协议”，实行校企联合办学。2013年5月，与赣州福雷斯科技有限公司联合鉴署“校企战略合作框架协议”。现有计算机软件与理论、软件工程二个全日制统招硕士学位授予点，同时开展在职人员攻读软件工程、项目管理、计算机技术专业领域工程硕士培养工作。
近年来，先后承担了国家自然科学基金、国家社科基金、中国博士后科学基金、教育部人文社科基金、江西省自然科学基金、江西省科技支撑计划、江西省高校科技落地计划及企业横向科研项目110余项，在学术期刊和国际会议上发表论文130余篇，其中三大索引收录60余篇;出版5部专著或教材
近年来分别与江西微软技术中心、赣州福雷斯科技有限公司、中软国际、东软集团股份有限公司、上海微创等单位建立校外实训基地，以培养增强硕士研究生的实践能力和创新能力。
2012年，学院牵头申报的“软件工程”学科，被评为华东交通大学重点学科(省级重点培育学科), 2013年，软件学院与江西微软联合成功申报“江西省研究生教育与创新基地”，为人才培养、产学研合作提供了坚实平台。