我校生态学科是一级学科硕士点，2012年被确立为江苏省重点培育学科。利用我校多学科优势，形成了学科交叉互补、知识结构合理的研究团队，使生态学科从经典的个体、种群研究发展到以研究自然-经济-社会复合生态系统为重点，以生态产业、生态功能为研究方向。
目前，生态学设有资源与环境生态、污染生态与生态毒理和动物分子生态与系统进化三个招生方向。主要研究内容如下：
资源与环境生态：微生物资源与生物技术、动物生态学、保护生物学、微生物资源级分子生物学、微生物分子生态学及微生态制剂等;
污染生态与生态毒理：环境因子的生态毒理学效应、农业污染生态等;
动物分子生态与系统进化：动物分子生态、昆虫遗传与分子进化等。