(一)植物学(071001) 以秦巴山区及周边地区的资源植物、珍稀濒危保护植物为研究对象，运用现代生物学技术开展植物资源综合研究。培养具有植物资源应用基础研究、药用植物与天然次生代谢产物研究等领域的知识与技能，具有创新精神，能独立从事科学研究、教学与相关管理工作的高级专门人才。
研究方向一：植物资源学 以秦巴山区丰富的植物资源为研究对象，以生物技术为主要研究手段，开展珍稀濒危保护植物、药用植物和特种经济植物的种质资源保护与应用基础研究。
研究方向二：植物生物技术 利用现代生物技术与手段，开展地道药材、秦巴山区特有植物资源和保护植物试管微体繁殖、中药指纹图谱和植物分子生物学研究。
研究方向三：植物天然产物研究 利用现代生物技术与工程方法，开展资源植物品质分析，次生代谢产物提取、分离、纯化与活性成分开发利用基础研究。
研究方向四：植物分子生态学 以秦巴山区特殊地理环境所孕育的独特生态环境和丰富植物资源为研究对象，积极开展秦巴山区珍稀特有植物的保护生物学、传粉生物学研究，开展秦巴山区生态环境保护及其自然资源保护与开发生物技术研究。形成以植物保护生物学研究为主的研究特色。