福建农林大学深化研究生招生选拔制度与培养模式改革，健全质量保障体系，着力提升研究生教育质量。
改革招生机制，优化生源质量。改革研究生选拔机制，试点开展自主考核选拔博士生。设立“推免生专项奖励”“第一志愿报考奖励”等招生政策，吸引优秀生源报考。改革研究生指导教师制度，实行招生资格年度审核制。组建硕士生导师团队，招生当年具备硕士生招生资格的“导师”，可按同一课题组或同一类科研项目组建“导师团队”招生。
创新培养模式，提升培养质量。以教育部研究生课程改革试点单位为契机，修订培养方案，突出学科特色。实施优秀博士学位论文资助计划，设立“优博基金”资助特别优秀的在校博士生，自然科学、人文社会科学类每生分别资助20万元及5万元。实行学位论文、学术论文、科研成果多层面奖励，支持研究生赴海外一流大学或科研机构联合培养或攻读学位。利用暑期夏令营、金山学术论坛、海峡生命科学前沿论坛、博学论坛等学术交流平台，加强学术交流，激发科研潜力。
完善奖助体系，助力成长成才。进一步完善研究生奖助体系，2014年发放研究生各类奖助学金3404.51万元，受惠研究生3711人，覆盖面达100%。设立面向全体博士的“普惠性助学金”和拔尖人才的“优秀学生奖学金”，涵盖新生奖励、学术奖励、科研成果奖励、出国资助、学术交流等9个项目。鼓励支持研究生兼任助教、助研、助管工作，设立研究生“三助”基金，统筹学费收入提留经费和导师配套经费。2014年共发放“三助”及困难补助312.33万元，受惠研究生1805人次。