2015年蚌埠医学院将扩大研究生的招生人数。“明年我们计划招收硕士研究生300人，并根据就业市场和学院的学科建设，新增口腔医学和公共卫生两个学科专业。”蚌埠医学院招生办工作人员告诉记者。
从1979年开始招收培养硕士研究生，现有基础医学和临床医学2个一级学科授权点，免疫学等25个二级学科授权点，涵盖50多个三级学科、专业，除两个直属附属医院承担培养蚌埠医学院研究生工作外，另有连云港市第二人民医院等八家医疗单位与蚌埠医学院联合培养研究生。蚌埠医学院研究生教育历经三十多年的发展，已拥有一支学术水平较高、科研力量较强、人才梯队合理、教学经验丰富的研究生导师队伍，现有研究生导师近300名。蚌埠医学院2004年开始招收培养临床医学专业硕士学位研究生，主要为社会培养临床技能型高级专门医学人才。