南京医科大学“临床和口腔医学硕士专业学位研究生培养与江苏省住院医师规范化培训双向接轨方案”将于2014年正式实施。把学校教育和毕业后的上岗培训结合起来，实现专业学位研究生教育与职业资格有效衔接，既节省了学生的时间，又有利于他们的就业。江苏省教育厅和卫生厅已于日前联合发文(苏教研「2013」7号)，批准同意南医大正式开展此项双向接轨工作。
一般医学研究生要考执业医师资格证，拿到做医生的资格，但要真正当医生，还必须经过医院36个月轮转实习，才有资格报考住院医师规范化培训证，考试合格后，才能在医院上岗当医生。而研究生一毕业就拿着住院医师规范化培训证上岗当医生，南医大是全国首家。
2009年南医大作为全国首家试点学校，在临床医学研究生培养阶段，对攻读临床医学专业学位硕士的学生进行住院医师规范化的培训。三年中，他们有半年在校学理论，剩下的两年半时间都在临床一线学看病。该培养方案自试运行以来，两届试点培养的研究生分别有46人和109人通过了2012和2013年江苏省住院医师规范化培训考试，这些研究生毕业时取得了“四证”(即研究生毕业证书、学位证书、执业医师资格证书和住院医师规范化培训第一阶段合格证书)，在全国尚属首次。取得“四证”的研究生显示了明显的临床能力优势，普遍受到用人单位欢迎。这一培养方案已经得到国内同行的广泛认可，成为南医大专业学位研究生培养取得的标志性成果。