2014年，在保留统考渠道招收博士研究生的基础上，厦门大学经济学院和王亚南经济研究院(简称两院)预留一定比例的招生名额，试点“申请-审 核制”，即申请人提交相关材料，通过两院的筛选机制，不需参加由学校统一组织的笔试初试，经过初审的考生将直接被邀请参加由两院联合组织的面试(包括口试 和笔试)。
此次“申请-考核制”的招生专业包括理论经济学、应用经济学和统计学三个一级学科，涵盖了两院2014年的全部招生专业。两院联合组织面试，依据志愿填报顺序，按面试成绩由高到低录取。具体实施办法，可点击链接查询(http://se.xmu.edu.cn/info/enrollment/2013-11-19-8482.html)
近几年来，厦门大学经济学院和王亚南经济研究院致力于现代经济学研究生课程的国际化建设，此次“申请-考核制”的招生试点也是两院吸引优质生 源、提高研究生培养质量的一个重要举措。经济学院和王亚南经济研究院强调专业核心课程在培养体系中的重要作用，所有专业学位课程都采取双语教学或全英文教 学，主要由全职“海归”担任授课教师，教学内容和教学难度比照北美一流经济学院系的课程设置。
除常规课程外，两院还积极开展各类学术交流活动，每年组织上百场学术报告会和二、三十场国际学术会议，为博士研究生提供了各种学术交流的平台。 从2013年起，厦门大学王亚南经济研究院携手德国洪堡大学成立International Research Training Group (简称“IRTG”)联合博士项目。该项目由双方院校每年分别在全球招收5名博士研究生，进入项目的学生按规定分别在厦门大学和洪堡大学学习一段时间后， 由在双方导师联合指导，在符合相关要求后可同时获得厦门大学和洪堡大学的博士学位。目前，厦门大学录取的第一批“IRTG”项目5名博士生即将在2014 年9月赴德进修。
厦门大学经济学院和王亚南经济研究院在研究生培养上的努力也得到了市场的承认，尤其是学术市场的承认。以王亚南经济研究院为例，2011年以 来，王亚南经济研究院培养的博士生分别在复旦大学、山东大学、华东师范大学、湖南大学、对外经贸大学、西南财经大学、中国科学院大学等国内著名高校担任教 职，其中一位2012届毕业生还被武汉大学经济管理学院破格聘为副教授。
厦门大学经济学院网站：http://se.xmu.edu.cn/
厦门大学王亚南经济研究院网站：http://wise.xmu.edu.cn/