新疆医科大学始建于1954年，1956年正式建成招生，为前苏联援助我国"一？五"计划中156个重点项目之一，是一所集教学、医疗、科研三位一体、中西维医并重、具有浓郁地域特点和少数民族人才培养特色的地方综合性高等医学院校。1998年经国家教育部批准，由原新疆医学院与原新疆中医学院合并成立了新疆医科大学，江泽民同志亲自为大学题写了校名。学校自成立以来始终受到了党中央、国务院、自治区党委、人民政府的关怀和国内外同仁的关注。
学校现设17所学院（含6所临床医学院），拥有6所三级甲等直属附属医院，3所非直属附属医院，2个教学部，5个系，是新疆维吾尔自治区最大的医药教学、医疗、科研中心，是新疆唯一专业学位（临床医学）博士研究生培养单位（MD）、临床医学硕士专业学位（MM）、公共卫生硕士专业学位（MPH）、口腔医学硕士专业学位培养单位(SMM)，全国在职人员申请硕士学位培养单位，高校教师在职攻读硕士学位培养单位。现拥有1个七年制临床医学研究生教育专业、27个本科 专业及专业方向，涵盖医学、语言学、管理学三大学科门类；3个博士后流动站，4个博士学位授权点，5个一级学科硕士授权点，48个二级学科硕士授权点；有5个省级重点学科，10个校级重点学科，1个教育部省部共建重点实验室，2个自治区级重点实验室，10所自治区级研究所。目前在校研究生2000余人，博士生导师64名，硕士生导师460名。近几年来学校获得的各级科研成果奖 奖项在全区高校均位居前列，为西北五省唯一连续三年获中华医学科技奖的高校。
学校注重开展广泛的对外交流，先后与美、英、法、日、俄、哈萨克斯坦等十多个国家及国内的30多所高校和研究机构开展了交流与合作，具备招收外国留学生的资格。
学校秉承"团结奉献、自强不息、精益求精、追求卓越"的大学精神，大力弘养"严谨、勤奋、文明、和谐"的校风，着力提升办学层次和水平。经过50年的建设，学校已发展成为一所以培养少数民族优秀医学人才为特色的综合性高等医学院校。今后力争在学科建设、人才培养、科学研究、管理水平、办学效益等各方面取得更大的成就，为将学校建成国内先进，西北一流，并在周边国家具有一定影响力的教学研究型大学而努力奋斗。