2014年，上海中医药大学硕士生招生规模数暂定380名。其中统考生323名，推荐免试生57名，中国教育在线资料显示，上海中医药大学硕士生录取类别分为非定向就业和定向就业两种，定向就业的硕士研究生均须在复试时与学校、用人单位签订定向委托培养合同。
中国教育在线资料显示，上海中医药大学现有17个二级学院及部门。3所直属附属医院，曙光医院、龙华医院、岳阳中西医结合医院，均为三级甲等医院。2所非直属附属医院，普陀医院和上海市中医医院。以及13个附属及共建研究所。8个研究中心。另外还成立了由上海17家中医机构组成的医教研联合体。3个教育部基地：中国大学生武术训练基地、国家大学生文化素质教育基地、国家理科基础研究和教学人才培养基地；3个一级学科授权的博士点：中医、中药与中西医结合学科，同时也都是博士后流动站；15个二级学科博士点；23个硕士点；24个本、专科专业（方向）；同时，学校还有9个继续教育的本、专科专业。
上海中医药大学实行研究院与学校合署的管理体制，上海市中医药研究院是全国七大中医药研究中心之一。学校现有国家教育部重点学科3个：中医外科、中药学、中医内科；教育部（省部共建）重点实验室1个；国家中医药管理局重点学科学科建设单位4个。上海市重点学科7个。上海市高校E-研究院2个；上海市教委第四期重点学科3个。上海市重点实验室1个。三级实验室14个。