2014年研究生招生，福建中医药大学共有44个硕士研究生招生专业计划招收硕士生300人左右，中国教育在线资料显示，福建中医药大学专业学位教育硕士研究生暂定18000元/3年，（具体标准以福建省财政厅文件为准）；学术型研究生收费标准待定，学制3年。
中国教育在线资料显示，福建中医药大学的中医骨伤科学专业和中西医临床医学专业为全国首创专业。中医骨伤科学为国家中医药管理局重点学科，也是福建省“211工程”重点建设学科。目前全校有1个国家重点学科、1个省级重点扶持学科、4个全国继续教育基地、2个省级重点学科、4门省级精品课程、14门省级优秀课程。学校有2个博士点、15个硕士点， 2 个高校教师在职攻读硕士学位专业，是有权开展临床医学专业学位工作单位，是有权免试推荐优秀应届本科毕业生为硕士生的中医院校之一，也是具有开展在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位的单位。