2014年研究生招生，南昌工程学院水利工程领域（专业代码为：085214）拟招收70人，下设水文学及水资源、水土保持、水利水电工程、岩土工程等四个方向；动力工程领域（专业代码为：085206）拟招收50人，下设水电动力工程、水力机械及其自动化装置设计与制造、水电站综合自动化等三个方向。中国教育在线资料显示，南昌工程学院拥有水利水电工程、马克思主义中国化研究、机械电子工程、岩土工程、计算机应用技术、水土保持与荒漠化防治等6个江西省“十二五”重点学科；拥有江西省水文水资源与水环境重点实验室、江西省高等学校土壤与植物生态重点实验室、江西省高校人文社科重点研究基地——水文化研究中心；有1个国家级特色专业、7个省级特色专业和5个省级教学团队。建立了江西省水利科学研究院、江西省峡江水利枢纽工程指挥部、武警水电二总队、中国水利水电第七工程局有限公司、江西省水利水电建设有限公司等十余个硕士专业学位研究生培养的校外基地，尤其是以服务行业、地方的横向合作项目业绩突出，体现了学校培养应用型人才的鲜明特色。
此外，中国教育在线了解到，南昌工程学院研究生学制2.5年，实行弹性管理2-3年。