2014年研究生招生，山东中医药大学计划招收硕士研究生609人，其中拟招收推免生91名、单考生10名、专业学位硕士253名，实际招收人数和相关政策以国家下达的文件为准，各学科实际招收人数将结合学科培养条件、导师数、上线人数作适当调整。中国教育在线资料显示，山东中医药大学研究生教育层次完备。拥有中医学、中西医结合、中药学3个一级博士学位授权学科，15个二级博士学位授权点；8个一级硕士学位授权学科，44个二级硕士学位授权点，并具有临床医学博士专业学位授予权和临床医学、中药学、药学、生物医学工程硕士专业学位授予权。
中国教育在线资料显示，山东中医药大学现有博士生导师76人，硕士生导师370人。1人先后荣获国家“国医楷模”、“国医大师”荣誉称号，有国家“973”项目首席科学家1人，全国杰出专业技术人员1人，全国优秀教师8人，省部级有突出贡献的中青年专家12人，山东省“泰山学者”特聘教授8人，享受国务院特殊津贴42人。山东省有突出贡献的名老中医药专家5人，山东省名中医药专家44人，1个团队入选山东省十大优秀创新团队。
学校科技创新能力强劲。现有3个博士后科研流动站，8个山东省“泰山学者”岗位学科；有中医基础理论、中医医史文献2个国家级重点学科和中医内科学1个国家重点（培育）学科，1个教育部重点实验室，2个国家中医药管理局重点研究室。有卫生部技术准入专科1个，国家中医药管理局重点学科29个、重点专科（专病）3个、重点建设专科5个，山东省人文社科研究基地1个，省级重点学科、重点专科、重点实验室等48个。“十一五”以来，共承担厅局级以上科研课题917项，其中国家级项目191项。在省属高校中首家主持国家“973”项目1项，承担“973”项目课题3项，牵头国家“十一五”科技支撑计划项目5项，财政部“中医药古籍保护与利用能力建设”重大专项1项；获国家科技进步二等奖2项，省部级奖励90项、厅局级奖励97项。