为贯彻落实国家“十二五”规划和中国科学院“创新2020”发展战略，加强海洋科技创新发展，中国科学院2011年启动筹建中国科学院三亚深海科学与工程研究所，并由海南省人民政府、三亚市人民政府和中国科学院三方联合共建。研究所以把我国建设成海洋强国为目标，以提升我国深海科学与工程研究及海洋资源开发利用能力，引领和支撑国家和地方海洋技术与装备的进步和产业化发展为主要任务，建设和发展中国科学院深海科学与工程核心技术开发与实验的现代化基地；形成中国科学院开放性的深海科学与工程试验平台。
2011年-2015年为研究所筹建期。筹建期内完成研究所基础设施、科研设备和平台建设任务；形成完整的科研、管理及技术支撑队伍，其中固定人员300人，流动人员超过300人；形成应用基础研究、核心技术研发、系统集成与示范应用、成果转移转化的科研结构布局；建成对外开放、与国内外同行广泛开展合作与学术交流的基地。研究所的主要研究方向定位于与深海有关的科学问题研究、深海观测方法与仪器设备、深海潜器技术、深海资源开发与利用。据此拟建深海科学研究部、深海极端环境模拟实验室、深海探测仪器与传感器实验室、深海信息技术实验室、深潜与水下作业技术实验室、海洋工程与海上试验部六个研究单元。现已有深海科学研究部和海洋工程与海上试验部。
目前有研究员10人，硕士生导师9人，博士生导师7人。2013年首次挂靠国科大生命科学院、中科院声学所和中科院地质与地球物理所招收研究生4人。研究所建于美丽的海南省三亚市鹿回头区域，2015年前在研究所生活区将拥有一栋研究生公寓楼，生活条件和科研、学习环境优越；助学金按国家标准发放，待遇优厚。2014年拟招收海洋科学、控制科学与工程专业学位硕士研究生，详细计划见附件。
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